Αποτέλεσμα της αυξανόμενης αντιπαράθεσης στο δίκτυο ήταν το πολύ επιτυχημένα αναδιαρθρωμένο συμβούλιο που εξελέγη το Μάιο του 1999 στην AGORA της Βαρκελώνης. Καινούργιος πρόεδρος έγινε ο Laszlo Fisos από το Sgezed, ο οποίος συγκέντρωσε γύρω από τον εαυτό του, ίσως, το πιο πεπειραμένο και ηλικιακά ωριμότερο CD της τελευταίας δεκαετίας, με μέλη όπως η διάδοχός του Φανή Ζαριφοπούλου, η Αλίκη Λούβρου, ο Bernhard Moller και ο Marcus Khoury - σχεδόν κανείς από αυτούς δεν ήταν πλέον φοιτητής. Οι προετοιμασίες αντιπαράθεσης για την καταψήφιση του προηγουμένου CD είχαν κορυφωθεί στο European School στο Gieien τον Απρίλιο του 1999. Αυτή η εκδήλωση ήταν μια κρίσιμη καμπή στην ιστορία της οργάνωσης με μια διπλή έννοια: προκάλεσε επίσης την ίδρυση της AEGEE- Academy στην AGORA της Βαρκελώνης. Αυτό το Human Resources Working Group έδωσε ιδιαίτερη έμφαση στα training events στην AEGEE, αναβαθμίζοντας το προφίλ της οργάνωσης με αυτόν τον τρόπο.

Θεματικά, η AEGEE εξακολουθούσε να είναι επικεντρωμένη στην Νοτιοανατολική Ευρώπη. Μέσα στο 2000 δημιουργήθηκαν καινούργια προγράμματα, όπως το "Education for Democracy". Η AEGEE ξεκίνησε αυτό το επιτυχημένο πρόγραμμα υποτροφιών το οποίο έδωσε την ευκαιρία σε φοιτητές από το βομβαρδισμένο Κόσοβο να σπουδάσουν σε πανεπιστήμια της Δυτικής Ευρώπης. Η Peace Academy ολοκληρώθηκε με μια Σύνοδο Ειρήνης στο Αιγαίο Πέλαγος κατά τη διάρκεια της οποίας αναπτύχθηκαν ιδέες για την επίλυση των συγκρούσεων στην Ευρώπη. Το Borderless Europe Rally, καρδιά του προγράμματος "Borderless Europe", οργάνωσε έναν αγώνα Interrail στον οποίο διάφορες διαπολιτισμικές ομάδες κατά μήκος της ηπείρου έρχονταν αντιμέτωπες με διαφορετικές ευρωπαϊκές πραγματικότητες. Επιπλέον οι φοιτητές της AEGEE υπήρξαν αδιάβλητοι σχετικά με πολιτικά ζητήματα: μέλη της AEGEE- Beograd βρίσκονταν στην πρώτη γραμμή, όταν έπεσε το καθεστώς Milosevic το φθινόπωρο του 2000 και, δυο μήνες αργότερα, η AEGEE έκανε μια παρουσίαση του έργου της στην Ευρωπαϊκή Σύνοδο Κορυφής στην Νίκαια.

Το 2001, μεγαλεπήβολα προγράμματα κυριάρχησαν και πάλι στην οργάνωση. Τα "Quo Vadis Europe" και "European Days of Language" συνδύασαν τα θετικά αποτελέσματα της ισχυρής κινητοποίησης του δικτύου και των καλών δημοσίων σχέσεων με τον έξω κόσμο. Αυτά τα προγράμματα εκτελέστηκαν κάτω από την προεδρία της Karina Houslmeier από το Passau - την πρώτη πρόεδρο που, από το 1993, παρέμεινε στο αξίωμα για ένα χρόνο. Εκείνη την περίοδο συνεχίστηκε η δυναμική ανάπτυξη του δικτύου - όπως αποδεικνύεται από ένα νέο αρχείο εκδηλώσεων: περισσότερα από 90 summer Universities και περίπου 150 εκδηλώσεις έλαβαν χώρα μέσα στο 2001. Αυτή τη στιγμή το δίκτυο έχει 256 παρακλάδια και εξακολουθεί να επεκτείνεται, ενώ η έμφαση της οργάνωσης μετατοπίζεται όλο και περισσότερο προς τα Νότια και τα Ανατολικά του δικτύου.

Από τις προεδρίες και της Karina Houslmeier και της προκατόχου της Oana Mailatescu τέθηκε ένα νέο επίκεντρο ως προς τον μακροπρόθεσμο σχεδιασμό και την συνεχή αξιολόγηση, με φορείς πραγματοποίησης όπως το Main Fields of Action και το Strategy Plan, τα οποία καθορίζουν τις περιοχές όπου η οργάνωση δίνει μεγαλύτερο βάρος κάθε χρόνο και τον τρόπο με τον οποίο η AEGEE- Ευρώπη, σαν σύνολο, σκοπεύει να εξελιχθεί μέσα σε περιόδους 4 χρόνων. Ύστερα από όλες αυτές τις αλλαγές, η AEGEE φαίνεται περισσότερο υγιής από ποτέ και είναι έτοιμη να αποτελέσει μέρος της ιστορίας του 21ου αιώνα, όπως ήταν και στην ιστορία του 20ου.

Το αναπτυσσόμενο δίκτυο, ο αυξανόμενος αριθμός εξωτερικών επαφών στις Βρυξέλλες, ο αυξανόμενος φόρτος εργασίας και η έλλειψη ελέγχου, όλα ζητούσαν για μια ισχυρότερη διοίκηση. Αυτό συνέπεσε και με το γεγονός ότι το πανεπιστήμιο του Ντελφτ δεν ήθελε πλέον να φιλοξενεί την AEGEE-Europe, κατά κύριο λόγο εξαιτίας του υψηλού λογαριασμού τηλεφώνου, ο οποίος καλύπτονταν από το πανεπιστήμιο. Το εκτελεστικό γραφείο έπρεπε να έχει μετακομίσει μέχρι τις 31 Δεκεμβρίου 1995. Η AGORA στην Βουδαπέστη αποφάσισε, τον Νοέμβριο του 1995, να μετακινήσει το εκτελεστικό γραφείο στις Βρυξέλλες. Το CD με πρόεδρο τον Egens van Iterson Scholten βρήκε ένα σπίτι στην Βελγική πρωτεύουσα, το οποίο διέθετε χώρους γραφείου για να δουλεύουν και δωμάτια για να ζουν. Ωστόσο, το πρώτο γραφείο στις Βρυξέλλες, στην οδό Αγίου Πέτρου, ήταν ένα χάλια μέρος, ένα πρώην κατάστημα. Τα μέλη του CD ήταν αναγκασμένα να ζουν είτε στο σκοτεινό κελάρι ή σε κάποια μικρά και ανεπαρκώς ανακαινισμένα δωμάτια στο πάνω πάτωμα. Οι σκάλες μύριζαν απαίσια.

Τον Ιούλιο του 1996, το CD ανακάλυψε ότι τα οικονομικά βρίσκονταν εκτός ελέγχου. Τα πλεονεκτήματα του πανεπιστημίου του Ντελφτ δεν υπήρχαν πλέον, ενώ το CD ανακάλυψε ότι είχαν γίνει τεράστια υπολογιστικά λάθη στους προϋπολογισμούς και στις οικονομικές εκθέσεις του παρελθόντος. Με οικονομίες μόνο 16, 000 ευρώ, το CD συνειδητοποίησε ότι έπρεπε να μετακομίσει σε ένα διαφορετικό μέρος, διαφορετικά η AEGEE- Ευρώπη σύντομα θα χρεοκοπούσε. Το φθινόπωρο του 1996, είχαν μεταφέρει τα πάντα στην Rue de l' Orme 10, Brussels- Etterbeek. Ωστόσο, τον Δεκέμβριο του 1998, η AEGEE-Europe έπρεπε πάλι να μετακομίσει στην τωρινή της τοποθεσία, στην Rue Nestor de Tiere 15, Brussels- Schaerbeek, λόγω ιδιοχρησίας. Μαζί με το ιδανικό γραφείο και τις συνθήκες διαμονής, το πιο ιδιαίτερο χαρακτηριστικό γνώρισμα είναι οι κότες που ζουν στην αυλή - η AEGEE τις κληρονόμησε υπογράφοντας το συμβόλαιο ενοικίασης.

Οι συνθήκες εργασίας βελτιώνονταν συνεχώς. Στο παλιό γραφείο, τον Ιανουάριο του 1996, η AEGEE είχε δύο υπολογιστές. Στο καινούργιο γραφείο, σχεδόν κάθε μέλος του CD απέκτησε το δικό του PC. Γενικά, οι Η/Υ είχαν γίνει πολύ σημαντικοί και το γεγονός ότι στο δίκτυο υπάρχουν πολλοί φοιτητές τεχνολογίας συνετέλεσε στο να είναι η AEGEE-Europe πρωτοπόρος στις σύγχρονες τεχνολογίες. Ήδη το 1994, το έτος ίδρυσης της Netscape, η AEGEE-Europe είχε την πρώτη της αρχική σελίδα. Τον Μάρτιο του 1997, η AEGEE καταχώρησε την ιστιοσελίδα της, aegee.org. Την ίδια χρονιά, το Lotus Notes ανέλαβε να διαχειρίζεται τις βάσεις δεδομένων του δικτύου.

Εκείνη την περίοδο, η μεταρρύθμιση της AEGEE-Europe, με την μεταφορά της στις Βρυξέλλες, ολοκληρώθηκε με οργανωτικές τροποποιήσεις στην δομή της οργάνωσης που έγιναν στην AGORA στην Αθήνα, Νοέμβριος 1996. Ο αριθμός των μελών του CD μειώθηκε σε εννέα, οι οποίοι ήταν, ουσιαστικά, υποχρεωμένοι να περνούν τον περισσότερο καιρό στις Βρυξέλλες. Στην ίδια συνέλευση εισήχθη και η Network Commission, διαιρώντας το δίκτυο σε δέκα περιοχές και βοηθώντας στις τοπικές σε όλα τα ζητήματα. Αυτή η κίνηση βοήθησε στο να εξομαλυνθούν οι επιδράσεις του απομονωτισμού που θα προκαλούσε ένα μικρότερο CD το οποίο θα ζούσε μακριά από το δίκτυο.

Στις Βρυξέλλες, όντας πιο κοντά στις Ευρωπαϊκές οργανώσεις, το Ευρωπαϊκό συμβούλιο είχε την ευκαιρία να επικεντρωθεί δυναμικότερα στις δημόσιες σχέσεις και στα πανευρωπαϊκά θεματικά προγράμματα με 10 έως 20 συνέδρια, σεμινάρια και άλλες ενέργειες. Το 1996, ο κύκλος εκδηλώσεων "Find Your Way" εκπαίδευσε μερικές εκατοντάδες νέους αρχηγούς μη- κυβερνητικών οργανώσεων. Επίσης, τον Ιανουάριο του 1996, η AEGEE ήταν προσκεκλημένη στις Βρυξέλλες σε μια συζήτηση στρογγυλής τραπέζης για το ευρωνόμισμα και ως αποτέλεσμα αυτού, το πρόγραμμα του 1997 "Europe & Euro" λειτούργησε επιμορφωτικά σχετικά με το νέο ευρωπαϊκό νόμισμα. Το 1999, η "Peace Academy" προώθησε την ανοχή και την κατανόηση σε περισσότερο από 20 πανευρωπαϊκές εκδηλώσεις που, κατά κύριο λόγο, συντονίστηκαν από Τούρκους και Έλληνες φοιτητές. Ακόμα, αναπτύχθηκαν ενέργειες, όπως η "Day of Europe" και η "Socrates Action Day", όπου 50 η περισσότερες antennae διοργάνωσαν εκδηλώσεις την ίδια ημέρα.

Συγκεκριμένα, τα CD των προέδρων Gerhard Krei και Peter Ginser την περίοδο 1996/97 δημιούργησαν ή διαχειρίστηκαν αυτά τα μεγάλα προγράμματα, τα οποία, επίσης, βελτίωσαν τα οικονομικά της οργάνωσης και η επίδρασή τους συνεχίστηκε μέχρι τα τέλη της δεκαετίας του 90. Ωστόσο, τέλειες οργανωτικές δομές και τέλειο CD δεν είναι απαραίτητα δύο πράγματα ταιριαστά. Μετά το τέλος της θητείας του Peter Ginser στην AGORA της Άγκυρας, το Νοέμβριο του 1997, δεκαοχτώ σκοτεινοί μήνες άρχισαν για την οργάνωση. Οι τρεις πρόεδροι, Sergio Caredda, Hilene Berard και, κατά κύριο λόγο, o Stefan Seidel αποδείχτηκαν να είναι είτε ανίκανοι είτε υπερβολικά αλαζονικοί για να ηγηθούν της οργάνωσης με κατάλληλο τρόπο. Όλα τα Moral Reports αυτών των τριών CD απορρίφθηκαν από την Agora.

Η Ευρώπη είχε αλλάξει, το Σιδηρούν Παραπέτασμα εξαφανιζόταν και ανοίγονταν νέες προοπτικές. Ωστόσο, το Comite Directeur, με κάποιο τρόπο, δεν μπορούσε ή δεν ήταν πρόθυμο να αντιληφθεί αυτήν την εξέλιξη. Ο Frank Biancheri είδε την οργάνωση ως ένα lobby club στην Ευρωπαϊκή Κοινότητα και φοβήθηκε ότι, χαλαρώνοντας τους δεσμούς, η AEGEE θα έχανε την επιρροή της. Παρ' όλα αυτά, την ημέρα που έπεσε το τείχος του Βερολίνου, το 1989, η AGORA στο Σαλέρνο αποφάσισε να επιχειρήσει άνοιγμα προς τους ενδιαφερομένους φοιτητές στην Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη. Το Ανατολικοδυτικό Working Group άρχισε ενέργειες για την εγκαθίδρυση τοπικών AEGEE εκεί, αν και το CD επέβλεπε αυτές τις ενέργειες διστακτικά.

Εκείνη την περίοδο, όλο και περισσότερες τοπικές θεωρούσαν τη δομή της ΑΕGΕΕ ως όχι και τόσο δημοκρατική . Δεδομένης της ίδρυσής της, η AEGEE είχε ένα CD (Comité Directeur) με 20 πλήρη μέλη και 10 αναπληρωματικά, από τους οποίους ελάχιστοι εργάζονταν πραγματικά και εκλέγονταν σαν λίστα. Ο αριθμός μειώθηκε σε 16 στην AGORA Σαλέρνο. Πολλές τοπικές της AEGEE επιθυμούσαν καλύτερη επικοινωνία μέσα στο δίκτυο και ήθελαν να μειωθεί η απόσταση ανάμεσα στις τοπικές και το CD. Όλοι αυτοί οι λόγοι συνετέλεσαν στο να καθιερωθεί η λίστα αντιπαράθεσης "Quo Vadis" κάτω από τον Georg von der Gablentz. Αυτή η λίστα αντιπαράθεσης ψηφίστηκε στην AGORA Βόννης, το Νοέμβριο του 1990.

Το νέο CD είχε ελάχιστους συνδέσμους με το παλιό. Οι περισσότεροι από την παλιά γενιά αρνήθηκαν να συνεργαστούν. Η AEGEE έχασε το μεγαλύτερο μέρος των αρχείων της, εφόσον δεν υπήρχαν γραφεία στα οποία να μένει και να εργάζεται όλο το CD, συνεπώς τα μέλη του CD είχαν τα περισσότερα αρχεία στα σπίτια τους. Βασικά, η AEGEE-Europe έπρεπε να ξεκινήσει από την αρχή. Τουλάχιστον, το νέο CD είχε μεγάλη υποστήριξη από το δίκτυο. Ο Georg von der Gablentz παρέμεινε πρόεδρος μέχρι το 1992 - η δεύτερη πιο μακρόχρονη προεδρία μετά τον Frank Biancheri. Στην AGORA του Άμστερνταμ, τον Απρίλιο του 1991, το εκλογικό σύστημα άλλαξε. Έκτοτε, τα μέλη του CD εκλέγονται ξεχωριστά και είναι προσωπικά υπεύθυνα για τις ηθικές τους αναφορές.

Στη συνέχεια, η AEGEE-Europe υποστήριξε την ανάπτυξη στην Κεντρική και στην Ανατολική Ευρώπη, ιδιαίτερα με την μεταφορά σημαντικών γεγονότων στην Ανατολική Ευρώπη, όπως την AGORA στην Βουδαπέστη (Νοέμβριος 1991) και στην Πράγα (Απρίλιος 1993) και το President's Meeting στην Κρακοβία (Μάρτιος 1992). Η εκτενής εξάπλωση του δικτύου στην Ανατολή άλλαξε τον χαρακτήρα του δικτύου και τον τρόπο με τον οποίο όλα τα μέλη αντιλαμβανόταν την Ευρώπη. Αυτή η εξάπλωση στην Ανατολή συνεχίζεται ακόμα και, ουσιαστικά, οι περισσότερες δημιουργικές ιδέες γεννιούνται σε αυτές τις τοπικές, όπου η ιδέα μιας ενωμένης Ευρώπης αποτελεί ένα πολύ ισχυρό όραμα, ενώ η Δύση έχει γίνει λιγότερο δραστήρια.

Κατά τη διάρκεια του 1993, στο Ευρωπαϊκό Σχολείο στο Valladolid, έγινε μια προσπάθεια αναβίωσης της ιδεαλιστικής AEGEE με το σύνθημα «Κινητικότητα με έναν σκοπό» («Mobility with a purpose»). Το σκεπτικό ήταν να συμπεριληφθούν όλες οι βασικές ιδέες της AEGEE σε έναν κοινό στόχο για τον οποίο θα μπορούσαν να δουλέψουν όλοι μαζί. Ένα σημαντικό βήμα για τον συντονισμό των δραστηριοτήτων της AEGEE αποτέλεσε η εισαγωγή του Yearplan, οργανωμένη από το μέλος του CD Philipp von Kiltzing.

Στο επίπεδο του CD, αυτοί οι καιροί ήταν ανήσυχοι. Μεταξύ των ετών 1993 και 2001, ούτε ένας πρόεδρος δεν παρέμεινε στο αξίωμα για παραπάνω από έξι μήνες. Ένα άλλο μειονέκτημα ήταν το γεγονός ότι, βασικά, μόνο το αποκαλούμενο «ημερήσιο συμβούλιο» που αποτελούνταν από τον πρόεδρο, τον ταμία και γραμματέα εργάζονταν στο γραφείο της AEGEE- Ευρώπης, το οποίο δεν ήταν τίποτα άλλο από ένα δωμάτιο που τους παραχωρούσε το πανεπιστήμιο του Ντελφτ. Τα περισσότερα από τα άλλα μέλη του CD - εκείνη την περίοδο ένα CD αποτελούνταν από 16 άτομα - ζούσαν στα σπίτια τους. Το e- mail δεν ήταν συνηθισμένο ανάμεσα στα μέλη του CD και, κατά συνέπεια, μια σωστή δουλειά, σύμφωνα με τα σημερινά πρότυπα, δεν ήταν δυνατή.

Ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα των αποτελεσμάτων της προβληματικής επικοινωνίας και της έλλειψης συντονισμού σε μια ταχύτατα αναπτυσσόμενη οργάνωση ήταν η 10η επέτειος της AEGEE, το 1995, που οργανώθηκε κάτω από την προεδρία του Dorian Selz το προηγούμενο έτος. Παρά τις επιτυχημένες δημόσιες σχέσεις με μια δεξίωση στο Ευρωκοινοβούλιο, το 10ο εορταστικό φεστιβάλ στην Antalya απέτυχε οικτρά - με την συμμετοχή περίπου 70 ατόμων αντί των προβλεπομένων 500. Ακόμη μεγαλύτερο ήταν το σκάνδαλο γύρω από το 10ο επετειακό βιβλίο, όταν ένα μέλος της συντονιστικής επιτροπής ζήτησε από έναν σχεδιαστή να σχεδιάσει το βιβλίο, ο οποίος χρέωσε 10, 000 ευρώ για τις υπηρεσίες του.

Η 16η Απριλίου 1985 είναι καταγεγραμμένη ως η ημέρα γενεθλίων της AEGEE. Εκείνη την ημέρα άρχισαν οι εργασίες μιας τεράστιας διάσκεψης στο Παρίσι, με την ονομασία "EGEE", σκοπός της οποίας ήταν να ξεπεραστεί η τρέχουσα Ευρωσκλήρυνση, η παράλυση της διαδικασίας της Ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης. Κάτω από την ηγεσία του Frank Biancheri, τα πέντε Grand Ecoles στην γαλλική πρωτεύουσα διοργάνωσαν αυτό το γεγονός, δημιουργώντας μια πλατφόρμα για 700 Ευρωπαίους νέους από όλες τις χώρες της Ευρωπαϊκής Κοινότητας. Η ονομασία EGEE (Etats Généraux des Etudiants de l'Europe) απορρέει από το Αιγαίο Πέλαγος "la mer Egee", εκεί όπου η δημοκρατία δημιουργήθηκε πριν από 2,000 χρόνια. Εξαιτίας μιας ταύτισης ονομασίας με μια γαλλική εταιρία, η ονομασία άλλαξε το 1988 σε AEGEE. Προφέρεται όπως η γαλλική λέξη "aigie".

Η EGEE θέλησε να αποτελέσει μια πλατφόρμα για να συζητήσουν οι Ευρωπαίοι νέοι το μέλλον της Ευρώπης, να παρουσιάσουν τις ιδέες τους στους αξιωματούχους των Ευρωπαϊκών οργανισμών και των εθνικών κυβερνήσεων. Επίσης, οι συμμετέχοντες φοιτητές ήθελαν να επηρεάσουν την ευρωπαϊκή πολιτική υπερ των φοιτητών. Έγιναν ενθουσιώδεις και ίδρυσαν τοπικά παρακλάδια στις πόλεις τους, δημιουργώντας έτσι ένα δίκτυο. Ξεκινώντας στο Παρίσι, η οργάνωση σύντομα έκανε την εμφάνισή της και στο Μόναχο, το Μιλάνο, το Λάιντεν, το Λονδίνο και την Μαδρίτη. Το 1998, η AEGEE είχε ήδη καθιερωθεί σε 40 πανεπιστημιακές πόλεις. Εκείνη την χρονιά η AEGEE, η οποία επικεντρωνόταν αποκλειστικά στα μέλη-κράτη της Ε.Ε., προσέγγισε και τις χώρες της Ευρωπαϊκής Ζώνης Ελευθέρων Συναλλαγών (EFTA). Ένα άνοιγμα προς τους φοιτητές στην άλλη πλευρά του Σιδηρού Παραπετάσματος δεν ήταν δυνατό.

Εκείνη την πρώιμη περίοδο, πραγματοποιήθηκε και η μεγαλύτερη πολιτική επιτυχία της AEGEE, όταν, ύστερα από ένα δείπνο με τον Francois Miterand στις 15 Μαρτίου 1986, η οργάνωση άσκησε επιτυχημένα πίεση για το πρόγραμμα ανταλλαγής Erasmus. Εντυπωσιακή ήταν επίσης η δορυφορική σύνδεση μεταξύ επτά πόλεων το 1986, η οποία, ωστόσο, προκάλεσε την πτώχευση της AEGEE Βρυξελλών. Επιπλέον, η AEGEE παρουσίασε σημαντικά προγράμματα στον έξω κόσμο: Euromanagers, Europolice, Moot Court, Euro Stage και το Summer University Project.

Σήμερα, σχεδόν όλες αυτές οι πρωτοβουλίες λειτουργούν ανεξάρτητα αφού οι επαγγελματικές απαιτήσεις τους έγιναν πολύ ισχυρές για μια εθελοντική οργάνωση. Ιδιαίτερο πλήγμα αποτελεί η απώλεια των Euromanagers (EMDS). Οι ιδρυτές υπέγραψαν ένα συμφωνητικό με την AEGEE το οποίο εξασφάλιζε ότι οι μισές θέσεις στο εκτελεστικό συμβούλιο του EMDS θα καταλαμβανόταν από την οργάνωση. Ωστόσο, οι EMDS, που έχουν ετήσιο τζίρο αρκετών εκατομμυρίων ευρώ, ισχυρίζονται ότι δεν θυμούνται την συμφωνία, ενώ η AEGEE έχασε το αντίγραφο του συμφωνητικού. Μόνο το Summer University Project, το οποίο ξεκίνησε το 1988 με 11 μαθήματα και σήμερα έχει φτάσει σχεδόν τα 100, εξακολουθεί να αποτελεί μέρος των δραστηριοτήτων της AEGEE.

Στην πρώτη AGORA, στο Μόναχο, τον Απρίλιο του 1986, είχε ήδη δημιουργηθεί η δομή της οργάνωσης, συναποτελούμενη από την AGORA, το President's Meeting (από το 2001 μετονομάστηκε σε Planning Meeting), Comite Directeur και Working Groups. Η Network Commission δεν ιδρύθηκε παρά μόνο το Νοέμβριο του 1996, στην AGORA Αθήνα.

Ωστόσο, ύστερα από τα τρία χρόνια προεδρίας του Frank Biancheri επήλθε μια περίοδος στασιμότητας, καθώς οι διάδοχοί του δεν μπόρεσαν να προσθέσουν τίποτα το καινούργιο στην υπάρχουσα ιδέα ή να μεταδώσουν τον στόχο της AEGEE. Τα εσωτερικά προβλήματα άρχισαν μετα την σύντομη προεδρία του Vieri Bracco από το Μιλάνο ο οποίος εξαφανίστηκε στην Βραζιλία δύο μήνες μετά από την εκλογή του το 1988. Την ίδια χρονιά οι τοπικές της Γαλλίας απεχώρησαν από την AEGEE, δημιουργώντας μια δική τους οργάνωση με την ονομασία Artemis. Τα νεοσυσταθέντα γαλλικά παραρτήματα ποτέ δεν κατόρθωσαν να ανακτήσουν την παλιά τους δύναμη.