Το αναπτυσσόμενο δίκτυο, ο αυξανόμενος αριθμός εξωτερικών επαφών στις Βρυξέλλες, ο αυξανόμενος φόρτος εργασίας και η έλλειψη ελέγχου, όλα ζητούσαν για μια ισχυρότερη διοίκηση. Αυτό συνέπεσε και με το γεγονός ότι το πανεπιστήμιο του Ντελφτ δεν ήθελε πλέον να φιλοξενεί την AEGEE-Europe, κατά κύριο λόγο εξαιτίας του υψηλού λογαριασμού τηλεφώνου, ο οποίος καλύπτονταν από το πανεπιστήμιο. Το εκτελεστικό γραφείο έπρεπε να έχει μετακομίσει μέχρι τις 31 Δεκεμβρίου 1995. Η AGORA στην Βουδαπέστη αποφάσισε, τον Νοέμβριο του 1995, να μετακινήσει το εκτελεστικό γραφείο στις Βρυξέλλες. Το CD με πρόεδρο τον Egens van Iterson Scholten βρήκε ένα σπίτι στην Βελγική πρωτεύουσα, το οποίο διέθετε χώρους γραφείου για να δουλεύουν και δωμάτια για να ζουν. Ωστόσο, το πρώτο γραφείο στις Βρυξέλλες, στην οδό Αγίου Πέτρου, ήταν ένα χάλια μέρος, ένα πρώην κατάστημα. Τα μέλη του CD ήταν αναγκασμένα να ζουν είτε στο σκοτεινό κελάρι ή σε κάποια μικρά και ανεπαρκώς ανακαινισμένα δωμάτια στο πάνω πάτωμα. Οι σκάλες μύριζαν απαίσια.

Τον Ιούλιο του 1996, το CD ανακάλυψε ότι τα οικονομικά βρίσκονταν εκτός ελέγχου. Τα πλεονεκτήματα του πανεπιστημίου του Ντελφτ δεν υπήρχαν πλέον, ενώ το CD ανακάλυψε ότι είχαν γίνει τεράστια υπολογιστικά λάθη στους προϋπολογισμούς και στις οικονομικές εκθέσεις του παρελθόντος. Με οικονομίες μόνο 16, 000 ευρώ, το CD συνειδητοποίησε ότι έπρεπε να μετακομίσει σε ένα διαφορετικό μέρος, διαφορετικά η AEGEE- Ευρώπη σύντομα θα χρεοκοπούσε. Το φθινόπωρο του 1996, είχαν μεταφέρει τα πάντα στην Rue de l' Orme 10, Brussels- Etterbeek. Ωστόσο, τον Δεκέμβριο του 1998, η AEGEE-Europe έπρεπε πάλι να μετακομίσει στην τωρινή της τοποθεσία, στην Rue Nestor de Tiere 15, Brussels- Schaerbeek, λόγω ιδιοχρησίας. Μαζί με το ιδανικό γραφείο και τις συνθήκες διαμονής, το πιο ιδιαίτερο χαρακτηριστικό γνώρισμα είναι οι κότες που ζουν στην αυλή - η AEGEE τις κληρονόμησε υπογράφοντας το συμβόλαιο ενοικίασης.

Οι συνθήκες εργασίας βελτιώνονταν συνεχώς. Στο παλιό γραφείο, τον Ιανουάριο του 1996, η AEGEE είχε δύο υπολογιστές. Στο καινούργιο γραφείο, σχεδόν κάθε μέλος του CD απέκτησε το δικό του PC. Γενικά, οι Η/Υ είχαν γίνει πολύ σημαντικοί και το γεγονός ότι στο δίκτυο υπάρχουν πολλοί φοιτητές τεχνολογίας συνετέλεσε στο να είναι η AEGEE-Europe πρωτοπόρος στις σύγχρονες τεχνολογίες. Ήδη το 1994, το έτος ίδρυσης της Netscape, η AEGEE-Europe είχε την πρώτη της αρχική σελίδα. Τον Μάρτιο του 1997, η AEGEE καταχώρησε την ιστιοσελίδα της, aegee.org. Την ίδια χρονιά, το Lotus Notes ανέλαβε να διαχειρίζεται τις βάσεις δεδομένων του δικτύου.

Εκείνη την περίοδο, η μεταρρύθμιση της AEGEE-Europe, με την μεταφορά της στις Βρυξέλλες, ολοκληρώθηκε με οργανωτικές τροποποιήσεις στην δομή της οργάνωσης που έγιναν στην AGORA στην Αθήνα, Νοέμβριος 1996. Ο αριθμός των μελών του CD μειώθηκε σε εννέα, οι οποίοι ήταν, ουσιαστικά, υποχρεωμένοι να περνούν τον περισσότερο καιρό στις Βρυξέλλες. Στην ίδια συνέλευση εισήχθη και η Network Commission, διαιρώντας το δίκτυο σε δέκα περιοχές και βοηθώντας στις τοπικές σε όλα τα ζητήματα. Αυτή η κίνηση βοήθησε στο να εξομαλυνθούν οι επιδράσεις του απομονωτισμού που θα προκαλούσε ένα μικρότερο CD το οποίο θα ζούσε μακριά από το δίκτυο.

Στις Βρυξέλλες, όντας πιο κοντά στις Ευρωπαϊκές οργανώσεις, το Ευρωπαϊκό συμβούλιο είχε την ευκαιρία να επικεντρωθεί δυναμικότερα στις δημόσιες σχέσεις και στα πανευρωπαϊκά θεματικά προγράμματα με 10 έως 20 συνέδρια, σεμινάρια και άλλες ενέργειες. Το 1996, ο κύκλος εκδηλώσεων "Find Your Way" εκπαίδευσε μερικές εκατοντάδες νέους αρχηγούς μη- κυβερνητικών οργανώσεων. Επίσης, τον Ιανουάριο του 1996, η AEGEE ήταν προσκεκλημένη στις Βρυξέλλες σε μια συζήτηση στρογγυλής τραπέζης για το ευρωνόμισμα και ως αποτέλεσμα αυτού, το πρόγραμμα του 1997 "Europe & Euro" λειτούργησε επιμορφωτικά σχετικά με το νέο ευρωπαϊκό νόμισμα. Το 1999, η "Peace Academy" προώθησε την ανοχή και την κατανόηση σε περισσότερο από 20 πανευρωπαϊκές εκδηλώσεις που, κατά κύριο λόγο, συντονίστηκαν από Τούρκους και Έλληνες φοιτητές. Ακόμα, αναπτύχθηκαν ενέργειες, όπως η "Day of Europe" και η "Socrates Action Day", όπου 50 η περισσότερες antennae διοργάνωσαν εκδηλώσεις την ίδια ημέρα.

Συγκεκριμένα, τα CD των προέδρων Gerhard Krei και Peter Ginser την περίοδο 1996/97 δημιούργησαν ή διαχειρίστηκαν αυτά τα μεγάλα προγράμματα, τα οποία, επίσης, βελτίωσαν τα οικονομικά της οργάνωσης και η επίδρασή τους συνεχίστηκε μέχρι τα τέλη της δεκαετίας του 90. Ωστόσο, τέλειες οργανωτικές δομές και τέλειο CD δεν είναι απαραίτητα δύο πράγματα ταιριαστά. Μετά το τέλος της θητείας του Peter Ginser στην AGORA της Άγκυρας, το Νοέμβριο του 1997, δεκαοχτώ σκοτεινοί μήνες άρχισαν για την οργάνωση. Οι τρεις πρόεδροι, Sergio Caredda, Hilene Berard και, κατά κύριο λόγο, o Stefan Seidel αποδείχτηκαν να είναι είτε ανίκανοι είτε υπερβολικά αλαζονικοί για να ηγηθούν της οργάνωσης με κατάλληλο τρόπο. Όλα τα Moral Reports αυτών των τριών CD απορρίφθηκαν από την Agora.