Η Ευρώπη είχε αλλάξει, το Σιδηρούν Παραπέτασμα εξαφανιζόταν και ανοίγονταν νέες προοπτικές. Ωστόσο, το Comite Directeur, με κάποιο τρόπο, δεν μπορούσε ή δεν ήταν πρόθυμο να αντιληφθεί αυτήν την εξέλιξη. Ο Frank Biancheri είδε την οργάνωση ως ένα lobby club στην Ευρωπαϊκή Κοινότητα και φοβήθηκε ότι, χαλαρώνοντας τους δεσμούς, η AEGEE θα έχανε την επιρροή της. Παρ' όλα αυτά, την ημέρα που έπεσε το τείχος του Βερολίνου, το 1989, η AGORA στο Σαλέρνο αποφάσισε να επιχειρήσει άνοιγμα προς τους ενδιαφερομένους φοιτητές στην Κεντρική και Ανατολική Ευρώπη. Το Ανατολικοδυτικό Working Group άρχισε ενέργειες για την εγκαθίδρυση τοπικών AEGEE εκεί, αν και το CD επέβλεπε αυτές τις ενέργειες διστακτικά.

Εκείνη την περίοδο, όλο και περισσότερες τοπικές θεωρούσαν τη δομή της ΑΕGΕΕ ως όχι και τόσο δημοκρατική . Δεδομένης της ίδρυσής της, η AEGEE είχε ένα CD (Comité Directeur) με 20 πλήρη μέλη και 10 αναπληρωματικά, από τους οποίους ελάχιστοι εργάζονταν πραγματικά και εκλέγονταν σαν λίστα. Ο αριθμός μειώθηκε σε 16 στην AGORA Σαλέρνο. Πολλές τοπικές της AEGEE επιθυμούσαν καλύτερη επικοινωνία μέσα στο δίκτυο και ήθελαν να μειωθεί η απόσταση ανάμεσα στις τοπικές και το CD. Όλοι αυτοί οι λόγοι συνετέλεσαν στο να καθιερωθεί η λίστα αντιπαράθεσης "Quo Vadis" κάτω από τον Georg von der Gablentz. Αυτή η λίστα αντιπαράθεσης ψηφίστηκε στην AGORA Βόννης, το Νοέμβριο του 1990.

Το νέο CD είχε ελάχιστους συνδέσμους με το παλιό. Οι περισσότεροι από την παλιά γενιά αρνήθηκαν να συνεργαστούν. Η AEGEE έχασε το μεγαλύτερο μέρος των αρχείων της, εφόσον δεν υπήρχαν γραφεία στα οποία να μένει και να εργάζεται όλο το CD, συνεπώς τα μέλη του CD είχαν τα περισσότερα αρχεία στα σπίτια τους. Βασικά, η AEGEE-Europe έπρεπε να ξεκινήσει από την αρχή. Τουλάχιστον, το νέο CD είχε μεγάλη υποστήριξη από το δίκτυο. Ο Georg von der Gablentz παρέμεινε πρόεδρος μέχρι το 1992 - η δεύτερη πιο μακρόχρονη προεδρία μετά τον Frank Biancheri. Στην AGORA του Άμστερνταμ, τον Απρίλιο του 1991, το εκλογικό σύστημα άλλαξε. Έκτοτε, τα μέλη του CD εκλέγονται ξεχωριστά και είναι προσωπικά υπεύθυνα για τις ηθικές τους αναφορές.

Στη συνέχεια, η AEGEE-Europe υποστήριξε την ανάπτυξη στην Κεντρική και στην Ανατολική Ευρώπη, ιδιαίτερα με την μεταφορά σημαντικών γεγονότων στην Ανατολική Ευρώπη, όπως την AGORA στην Βουδαπέστη (Νοέμβριος 1991) και στην Πράγα (Απρίλιος 1993) και το President's Meeting στην Κρακοβία (Μάρτιος 1992). Η εκτενής εξάπλωση του δικτύου στην Ανατολή άλλαξε τον χαρακτήρα του δικτύου και τον τρόπο με τον οποίο όλα τα μέλη αντιλαμβανόταν την Ευρώπη. Αυτή η εξάπλωση στην Ανατολή συνεχίζεται ακόμα και, ουσιαστικά, οι περισσότερες δημιουργικές ιδέες γεννιούνται σε αυτές τις τοπικές, όπου η ιδέα μιας ενωμένης Ευρώπης αποτελεί ένα πολύ ισχυρό όραμα, ενώ η Δύση έχει γίνει λιγότερο δραστήρια.

Κατά τη διάρκεια του 1993, στο Ευρωπαϊκό Σχολείο στο Valladolid, έγινε μια προσπάθεια αναβίωσης της ιδεαλιστικής AEGEE με το σύνθημα «Κινητικότητα με έναν σκοπό» («Mobility with a purpose»). Το σκεπτικό ήταν να συμπεριληφθούν όλες οι βασικές ιδέες της AEGEE σε έναν κοινό στόχο για τον οποίο θα μπορούσαν να δουλέψουν όλοι μαζί. Ένα σημαντικό βήμα για τον συντονισμό των δραστηριοτήτων της AEGEE αποτέλεσε η εισαγωγή του Yearplan, οργανωμένη από το μέλος του CD Philipp von Kiltzing.

Στο επίπεδο του CD, αυτοί οι καιροί ήταν ανήσυχοι. Μεταξύ των ετών 1993 και 2001, ούτε ένας πρόεδρος δεν παρέμεινε στο αξίωμα για παραπάνω από έξι μήνες. Ένα άλλο μειονέκτημα ήταν το γεγονός ότι, βασικά, μόνο το αποκαλούμενο «ημερήσιο συμβούλιο» που αποτελούνταν από τον πρόεδρο, τον ταμία και γραμματέα εργάζονταν στο γραφείο της AEGEE- Ευρώπης, το οποίο δεν ήταν τίποτα άλλο από ένα δωμάτιο που τους παραχωρούσε το πανεπιστήμιο του Ντελφτ. Τα περισσότερα από τα άλλα μέλη του CD - εκείνη την περίοδο ένα CD αποτελούνταν από 16 άτομα - ζούσαν στα σπίτια τους. Το e- mail δεν ήταν συνηθισμένο ανάμεσα στα μέλη του CD και, κατά συνέπεια, μια σωστή δουλειά, σύμφωνα με τα σημερινά πρότυπα, δεν ήταν δυνατή.

Ένα χαρακτηριστικό παράδειγμα των αποτελεσμάτων της προβληματικής επικοινωνίας και της έλλειψης συντονισμού σε μια ταχύτατα αναπτυσσόμενη οργάνωση ήταν η 10η επέτειος της AEGEE, το 1995, που οργανώθηκε κάτω από την προεδρία του Dorian Selz το προηγούμενο έτος. Παρά τις επιτυχημένες δημόσιες σχέσεις με μια δεξίωση στο Ευρωκοινοβούλιο, το 10ο εορταστικό φεστιβάλ στην Antalya απέτυχε οικτρά - με την συμμετοχή περίπου 70 ατόμων αντί των προβλεπομένων 500. Ακόμη μεγαλύτερο ήταν το σκάνδαλο γύρω από το 10ο επετειακό βιβλίο, όταν ένα μέλος της συντονιστικής επιτροπής ζήτησε από έναν σχεδιαστή να σχεδιάσει το βιβλίο, ο οποίος χρέωσε 10, 000 ευρώ για τις υπηρεσίες του.