Η 16η Απριλίου 1985 είναι καταγεγραμμένη ως η ημέρα γενεθλίων της AEGEE. Εκείνη την ημέρα άρχισαν οι εργασίες μιας τεράστιας διάσκεψης στο Παρίσι, με την ονομασία "EGEE", σκοπός της οποίας ήταν να ξεπεραστεί η τρέχουσα Ευρωσκλήρυνση, η παράλυση της διαδικασίας της Ευρωπαϊκής ολοκλήρωσης. Κάτω από την ηγεσία του Frank Biancheri, τα πέντε Grand Ecoles στην γαλλική πρωτεύουσα διοργάνωσαν αυτό το γεγονός, δημιουργώντας μια πλατφόρμα για 700 Ευρωπαίους νέους από όλες τις χώρες της Ευρωπαϊκής Κοινότητας. Η ονομασία EGEE (Etats Généraux des Etudiants de l'Europe) απορρέει από το Αιγαίο Πέλαγος "la mer Egee", εκεί όπου η δημοκρατία δημιουργήθηκε πριν από 2,000 χρόνια. Εξαιτίας μιας ταύτισης ονομασίας με μια γαλλική εταιρία, η ονομασία άλλαξε το 1988 σε AEGEE. Προφέρεται όπως η γαλλική λέξη "aigie".
Η EGEE θέλησε να αποτελέσει μια πλατφόρμα για να συζητήσουν οι Ευρωπαίοι νέοι το μέλλον της Ευρώπης, να παρουσιάσουν τις ιδέες τους στους αξιωματούχους των Ευρωπαϊκών οργανισμών και των εθνικών κυβερνήσεων. Επίσης, οι συμμετέχοντες φοιτητές ήθελαν να επηρεάσουν την ευρωπαϊκή πολιτική υπερ των φοιτητών. Έγιναν ενθουσιώδεις και ίδρυσαν τοπικά παρακλάδια στις πόλεις τους, δημιουργώντας έτσι ένα δίκτυο. Ξεκινώντας στο Παρίσι, η οργάνωση σύντομα έκανε την εμφάνισή της και στο Μόναχο, το Μιλάνο, το Λάιντεν, το Λονδίνο και την Μαδρίτη. Το 1998, η AEGEE είχε ήδη καθιερωθεί σε 40 πανεπιστημιακές πόλεις. Εκείνη την χρονιά η AEGEE, η οποία επικεντρωνόταν αποκλειστικά στα μέλη-κράτη της Ε.Ε., προσέγγισε και τις χώρες της Ευρωπαϊκής Ζώνης Ελευθέρων Συναλλαγών (EFTA). Ένα άνοιγμα προς τους φοιτητές στην άλλη πλευρά του Σιδηρού Παραπετάσματος δεν ήταν δυνατό.
Εκείνη την πρώιμη περίοδο, πραγματοποιήθηκε και η μεγαλύτερη πολιτική επιτυχία της AEGEE, όταν, ύστερα από ένα δείπνο με τον Francois Miterand στις 15 Μαρτίου 1986, η οργάνωση άσκησε επιτυχημένα πίεση για το πρόγραμμα ανταλλαγής Erasmus. Εντυπωσιακή ήταν επίσης η δορυφορική σύνδεση μεταξύ επτά πόλεων το 1986, η οποία, ωστόσο, προκάλεσε την πτώχευση της AEGEE Βρυξελλών. Επιπλέον, η AEGEE παρουσίασε σημαντικά προγράμματα στον έξω κόσμο: Euromanagers, Europolice, Moot Court, Euro Stage και το Summer University Project.
Σήμερα, σχεδόν όλες αυτές οι πρωτοβουλίες λειτουργούν ανεξάρτητα αφού οι επαγγελματικές απαιτήσεις τους έγιναν πολύ ισχυρές για μια εθελοντική οργάνωση. Ιδιαίτερο πλήγμα αποτελεί η απώλεια των Euromanagers (EMDS). Οι ιδρυτές υπέγραψαν ένα συμφωνητικό με την AEGEE το οποίο εξασφάλιζε ότι οι μισές θέσεις στο εκτελεστικό συμβούλιο του EMDS θα καταλαμβανόταν από την οργάνωση. Ωστόσο, οι EMDS, που έχουν ετήσιο τζίρο αρκετών εκατομμυρίων ευρώ, ισχυρίζονται ότι δεν θυμούνται την συμφωνία, ενώ η AEGEE έχασε το αντίγραφο του συμφωνητικού. Μόνο το Summer University Project, το οποίο ξεκίνησε το 1988 με 11 μαθήματα και σήμερα έχει φτάσει σχεδόν τα 100, εξακολουθεί να αποτελεί μέρος των δραστηριοτήτων της AEGEE.
Στην πρώτη AGORA, στο Μόναχο, τον Απρίλιο του 1986, είχε ήδη δημιουργηθεί η δομή της οργάνωσης, συναποτελούμενη από την AGORA, το President's Meeting (από το 2001 μετονομάστηκε σε Planning Meeting), Comite Directeur και Working Groups. Η Network Commission δεν ιδρύθηκε παρά μόνο το Νοέμβριο του 1996, στην AGORA Αθήνα.
Ωστόσο, ύστερα από τα τρία χρόνια προεδρίας του Frank Biancheri επήλθε μια περίοδος στασιμότητας, καθώς οι διάδοχοί του δεν μπόρεσαν να προσθέσουν τίποτα το καινούργιο στην υπάρχουσα ιδέα ή να μεταδώσουν τον στόχο της AEGEE. Τα εσωτερικά προβλήματα άρχισαν μετα την σύντομη προεδρία του Vieri Bracco από το Μιλάνο ο οποίος εξαφανίστηκε στην Βραζιλία δύο μήνες μετά από την εκλογή του το 1988. Την ίδια χρονιά οι τοπικές της Γαλλίας απεχώρησαν από την AEGEE, δημιουργώντας μια δική τους οργάνωση με την ονομασία Artemis. Τα νεοσυσταθέντα γαλλικά παραρτήματα ποτέ δεν κατόρθωσαν να ανακτήσουν την παλιά τους δύναμη.