Αποτέλεσμα της αυξανόμενης αντιπαράθεσης στο δίκτυο ήταν το πολύ επιτυχημένα αναδιαρθρωμένο συμβούλιο που εξελέγη το Μάιο του 1999 στην AGORA της Βαρκελώνης. Καινούργιος πρόεδρος έγινε ο Laszlo Fisos από το Sgezed, ο οποίος συγκέντρωσε γύρω από τον εαυτό του, ίσως, το πιο πεπειραμένο και ηλικιακά ωριμότερο CD της τελευταίας δεκαετίας, με μέλη όπως η διάδοχός του Φανή Ζαριφοπούλου, η Αλίκη Λούβρου, ο Bernhard Moller και ο Marcus Khoury - σχεδόν κανείς από αυτούς δεν ήταν πλέον φοιτητής. Οι προετοιμασίες αντιπαράθεσης για την καταψήφιση του προηγουμένου CD είχαν κορυφωθεί στο European School στο Gieien τον Απρίλιο του 1999. Αυτή η εκδήλωση ήταν μια κρίσιμη καμπή στην ιστορία της οργάνωσης με μια διπλή έννοια: προκάλεσε επίσης την ίδρυση της AEGEE- Academy στην AGORA της Βαρκελώνης. Αυτό το Human Resources Working Group έδωσε ιδιαίτερη έμφαση στα training events στην AEGEE, αναβαθμίζοντας το προφίλ της οργάνωσης με αυτόν τον τρόπο.

Θεματικά, η AEGEE εξακολουθούσε να είναι επικεντρωμένη στην Νοτιοανατολική Ευρώπη. Μέσα στο 2000 δημιουργήθηκαν καινούργια προγράμματα, όπως το "Education for Democracy". Η AEGEE ξεκίνησε αυτό το επιτυχημένο πρόγραμμα υποτροφιών το οποίο έδωσε την ευκαιρία σε φοιτητές από το βομβαρδισμένο Κόσοβο να σπουδάσουν σε πανεπιστήμια της Δυτικής Ευρώπης. Η Peace Academy ολοκληρώθηκε με μια Σύνοδο Ειρήνης στο Αιγαίο Πέλαγος κατά τη διάρκεια της οποίας αναπτύχθηκαν ιδέες για την επίλυση των συγκρούσεων στην Ευρώπη. Το Borderless Europe Rally, καρδιά του προγράμματος "Borderless Europe", οργάνωσε έναν αγώνα Interrail στον οποίο διάφορες διαπολιτισμικές ομάδες κατά μήκος της ηπείρου έρχονταν αντιμέτωπες με διαφορετικές ευρωπαϊκές πραγματικότητες. Επιπλέον οι φοιτητές της AEGEE υπήρξαν αδιάβλητοι σχετικά με πολιτικά ζητήματα: μέλη της AEGEE- Beograd βρίσκονταν στην πρώτη γραμμή, όταν έπεσε το καθεστώς Milosevic το φθινόπωρο του 2000 και, δυο μήνες αργότερα, η AEGEE έκανε μια παρουσίαση του έργου της στην Ευρωπαϊκή Σύνοδο Κορυφής στην Νίκαια.

Το 2001, μεγαλεπήβολα προγράμματα κυριάρχησαν και πάλι στην οργάνωση. Τα "Quo Vadis Europe" και "European Days of Language" συνδύασαν τα θετικά αποτελέσματα της ισχυρής κινητοποίησης του δικτύου και των καλών δημοσίων σχέσεων με τον έξω κόσμο. Αυτά τα προγράμματα εκτελέστηκαν κάτω από την προεδρία της Karina Houslmeier από το Passau - την πρώτη πρόεδρο που, από το 1993, παρέμεινε στο αξίωμα για ένα χρόνο. Εκείνη την περίοδο συνεχίστηκε η δυναμική ανάπτυξη του δικτύου - όπως αποδεικνύεται από ένα νέο αρχείο εκδηλώσεων: περισσότερα από 90 summer Universities και περίπου 150 εκδηλώσεις έλαβαν χώρα μέσα στο 2001. Αυτή τη στιγμή το δίκτυο έχει 256 παρακλάδια και εξακολουθεί να επεκτείνεται, ενώ η έμφαση της οργάνωσης μετατοπίζεται όλο και περισσότερο προς τα Νότια και τα Ανατολικά του δικτύου.

Από τις προεδρίες και της Karina Houslmeier και της προκατόχου της Oana Mailatescu τέθηκε ένα νέο επίκεντρο ως προς τον μακροπρόθεσμο σχεδιασμό και την συνεχή αξιολόγηση, με φορείς πραγματοποίησης όπως το Main Fields of Action και το Strategy Plan, τα οποία καθορίζουν τις περιοχές όπου η οργάνωση δίνει μεγαλύτερο βάρος κάθε χρόνο και τον τρόπο με τον οποίο η AEGEE- Ευρώπη, σαν σύνολο, σκοπεύει να εξελιχθεί μέσα σε περιόδους 4 χρόνων. Ύστερα από όλες αυτές τις αλλαγές, η AEGEE φαίνεται περισσότερο υγιής από ποτέ και είναι έτοιμη να αποτελέσει μέρος της ιστορίας του 21ου αιώνα, όπως ήταν και στην ιστορία του 20ου.